稅務機關有權核定其應納稅額的有：
(1)依照法律、行政法規的規定可以不設置賬簿的。
(2)依照法律、行政法規的規定應當設置但未設置賬簿的。
(3)擅自銷毀賬簿或者拒不提供納稅資料的。
(4)雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查賬的。
(5)發生納稅義務，未按照規定的期限辦理納稅申報，經稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的。
(6)納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。B選項中。會計報表編制格式有問題不屬於本質上的問題，因此並不需要稅務機關對其進行核定應納稅額，B選項說法不正確。本題的正確選項為A、C、D。