仙遊大學有：莆田學院、莆田電大、仙遊師範、海疆學校等。
莆田學院（Putian University）是經教育部批準成立的全日制普通本科高校，是教育部、衛生部第壹批“卓越醫生教育培養計劃項目”試點單位。由福建省政府領導和管理，實行省市***建、以市為主的辦學體制。是國家體育總局媽祖民俗體育文化研究基地、全國臺聯海峽兩岸媽祖文化研習交流基地、中國社科院歷史研究所媽祖文化研究基地，是福建省媽祖文化研究會會長單位。
學校辦學歷史可追溯到1898年創辦的興化聖教醫院附設護士訓練班。2002年3月，學校由原莆田高等專科學校、原福建醫科大學莆田分校、原莆田華僑體育師範學校合並組建而成。2013年10月，仙遊師範學校並入莆田學院。2018年1月，學校新增為福建省2018-2020年碩士學位授予培育單位立項建設名單。
科研機構：
截至2020年6月，現有省級及以上科研創新平臺31個，其中工信部科研平臺1個、省級“2011”協同創新中心2個、省級特色新型智庫1個、省公***服務平臺1個、省級產學研示範基地1個、省級重點實驗室10個、省級工程（技術）研究中心5個、省級人文化社科基地8個、省級院士專家工作站2個。現有省級科研創新團隊2個，校級科研創新團隊51個，服務地方團隊39個。
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