國稅、地稅機構合並後，實行以中華人民共和國國家稅務總局為主體，省(自治區、直轄市)政府雙重領導管理體制。國家稅務總局要會同省級黨委、政府，加強稅務系統黨的領導，抓好黨的建設、思想政治建設和幹部隊伍建設，優化各級稅務組織體系和稅收征管職責，按照“瘦身”與“健身”相結合的原則，完善結構布局和權力配置，構建優化高效統壹的稅收征管體系。
法律依據:
中華人民共和國憲法
第九十壹條國務院設立審計機關，對國務院各部門和地方各級政府的財務收支，以及國家金融機構和企業事業組織的財務收支，進行審計監督。審計機關在國務院總理領導下，依照法律規定獨立行使審計監督權，不受其他行政機關、社會團體和個人的幹涉。
第九十五條省、直轄市、縣、市、市轄區、鄉、民族鄉、鎮設立人民代表大會和人民政府。地方各級人民代表大會和地方各級人民政府的組織由法律規定。自治區、自治州、自治縣設立自治機關。自治機關的組織和工作，根據憲法第三章第五節、第六節規定的基本原則，由法律規定。