《財政部國家稅務總局關於基本養老保險、基本醫療保險、失業保險和住房公積金個人所得稅政策的通知》規定，企業事業單位按照省、自治區、直轄市人民政府規定的繳費比例或者辦法實際繳納的基本養老保險、基本醫療保險和失業保險，可以免征個人所得稅；個人按照國家或者省、自治區、直轄市人民政府規定的繳費比例或者方式實際繳納的基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費，可以在個人應納稅所得額中扣除。企業、事業單位和個人繳納基本養老保險費、基本醫療保險費和失業保險費超過規定比例和標準的，應當將超過部分並入其當期工資、薪金收入，征收個人所得稅。補充醫療保險不在這個文件規定的免稅項目之內，所以也要繳納補充醫療保險稅。
補充醫療保險不是所有的稅都要交。北京市基本醫療保險條例中明確規定，企業職工工資總額4%以內的補充醫療保險費，可以列入成本，允許稅前扣除。很多公司都在平安保險商城為員工購買了小微企業團體意外險。平安團體意外險提供意外導致的傷害、死亡、殘疾、意外等醫療保障，以及意外住院延誤和護理津貼。還提供電話醫療服務和醫療費用預付服務，是社會基本醫療的極好補充。雖然屬於商業補充保險，但不需要交稅，是企業為員工提供的最好的福利。