1、針對對象不同。小餐飲證是各地針對三即食品小作坊、小經營店和小攤點；食品經營許可證針對所有食品行業領域生產經營活動；
2、適用法律法規不同。小餐飲證只適用各地方制定法規，食品經營許可證適用餐飲服務許可管理辦法，為國家法律法規；
3、扮演身份不同。小作坊、小經營店和小攤點基本上無固定法定地點，多數為無工商營業執照，小餐飲證扮演臨時身份證角色；食品經營許可證只是行業經營許可憑證；
4、性質不同 。食品經營許可證的號碼壹般是主要取統壹社會信用代碼第三至第十七位而形成的。這二者的區別主要在於它們的性質不同，納稅人識別號主要用在納稅的時候，而餐飲服務許可證指的是該企業的標誌；
5、應用部門不同。食品經營許可證是工商營業執照代碼，餐飲服務許可證是去稅務局辦業務時提供的證件。
法律依據：《食品經營許可管理辦法》第二條
在中華人民***和國境內，從事食品銷售和餐飲服務活動，應當依法取得食品經營許可。
食品經營許可的申請、受理、審查、決定及其監督檢查，適用本辦法。