員工8月份入職新公司，9月份發放工資後進行個稅預扣預繳申報，累計減除費用是按照5000元填寫。
工資扣稅的計算公式如下：應納稅所得額=月綜合工資-5000元基本減除費用-五險壹金，應繳個人所得稅金額=月應納稅所得額×稅率%（超4500元-9000元內，稅率為20%）。
實際申報個稅時，壹般都是通過自然人電子稅務局扣繳端進行個稅申報扣繳，累計減除費用，累計專項扣除等，系統會自動累計。
擴展資料：
註意事項：
國家稅務總局早有規定，國家稅務總局公告2018年第61號文第六條規定, 扣繳義務人向居民個人支付工資、薪金所得時，應當按照累計預扣法計算預扣稅款，並按月辦理扣繳申報。其中累計減除費用，按照5000元/月乘以納稅人當年截至本月在本單位的任職受雇月份數計算。
納稅人如果5月入職，扣繳義務人5月份發放工資扣繳稅款時，減除費用按5000元計算，扣繳義務人6月份發放工資扣繳稅款時，減除費用按10000元計算。
人民網-廣東調整新入職人員勞務報酬個稅預扣預繳規則
百度百科-個稅專項附加扣除