虛開增值稅專用發票1千萬，開了兩次庭因證據不足的原因有五個：
1、犯罪構成要件事實缺乏必要的證據予以證明的。
2、據以定罪的證據存在疑問,無法查證屬實的。
3、據以定罪的證據之間、證據與案件事實之間的矛盾不能合理排除。
4、根據證據得出的結論具有其他可能性，不能排除合理懷疑的。
5、根據證據認定案件事實不符合邏輯和經驗法則，得出的結論明顯不符合常理的。
稅務行政處罰
稅務行政處罰過程中，稅務稽查機關需要通過對證據的收集、審查、判斷，查明案件事實，以確保作出的行政處罰決定事實清楚，證據確鑿、充分。
通州國稅稽查局作出被訴處罰決定書認定的違法事實是眾創公司在2013年6月至9月經營期間，讓他人為自己開具與實際經營業務不符的增值稅專用發票20份，已於當期申報抵扣，造成少繳增值稅，根據《發票管理辦法》第二十二條及《稅收征管法》第六十三條的規定，構成虛開發票和偷稅。