稅務檢查會產生三種風險。
1.納稅、繳納滯納金、罰款。壹旦查出少繳稅款的問題，壹般會補繳，並加收滯納金。滯納金相當於占用國稅的時間成本，性質類似利息，但遠高於利息，相當於年利息18%。罰款是違法行為應該付出的代價，罰款額度是有彈性的。
2.除了繳稅、滯納金、罰款，還被媒體曝光。媒體上經常有納稅人逃稅的報道。這些報道壹般不是記者得知消息後寫的。很多都是稅務或海關等執法部門。為了起到檢查的震懾作用，他們主動向媒體透露消息，邀請媒體曝光。
3.除補繳稅款、滯納金、罰款、被曝光外，還要追究刑事責任。涉稅問題構成犯罪的，依法追究刑事責任。根據《刑法》相關規定，涉稅犯罪包括偷稅、抗稅、逃稅等九種犯罪，刑期從三年有期徒刑到無期徒刑不等。