2.應納稅額的計算方法不同。壹般納稅人按照“抵扣制度”計稅，即按照從產出中扣除投入後的余額納稅。小規模納稅人按照銷售收入額除以(1+適用稅率)乘以3%的稅率計算應納稅額。
3.用不同的稅率，壹般納稅人分為0稅率、13%稅率和17%稅率。小規模納稅人3%(免稅的除外)。
4.鑒定程序不同。
5.稅收管理規定:
1)壹般納稅人:銷售貨物或者提供應稅勞務可以開具增值稅專用發票；購買貨物或者應稅勞務可以作為當期進項稅額抵扣；計算方法是輸出減去輸入。
2)規模小:只能用普通發票；購買貨物或者應稅勞務即使取得增值稅專用發票也不能抵扣；計算方法是銷售額×收款率。