職務性質不同：壹級科員屬於綜合管理類公務員，主要負責機關內部的綜合事務管理工作，包括文秘、宣傳、財務等方面的工作。而壹級行政執法員屬於行政執法類公務員，主要負責執行法律法規和政策，包括市場監管、城管執法等方面的工作。
管理方式不同：壹級科員的管理方式主要是通過機關內部的組織機構進行管理，包括崗位調整、職務晉升等方面的工作。而壹級行政執法員的管理方式主要是通過行政執法隊伍進行管理，包括統壹調度、執法協作等方面的工作。