同期納稅人在提交申報後發現需要補充申報或者更正申報錯誤的。如果沒有全額繳納，可以通過報關單作廢功能作廢原申報，然後重新申報；如果已經繳納，納稅人可以通過申報糾錯功能進行更正。申報錯誤更正後，系統會根據申報前後的信息自動判斷需要退還的金額:
1，如果應退金額為正，系統會自動生成應退差額稅，納稅人可以在繳費期限內通過繳費功能繳納稅款，但如果超過繳費期限，則需要在大廳繳納；
2.如果應退稅額為負數，即多繳稅款，納稅人應向主管稅務機關申請退稅抵免。
3.如果應退稅額為零，系統會自動調整申請數據，納稅人無需繳稅或辦理退稅手續。