有風險。會影響個人所得稅。
壹般來說，個人所得稅由單位統壹繳納，即單位從員工的工資中扣除個人收入，統壹向稅務部門繳納。但是有時候稅務系統或者單位財務出了問題，個人所得稅需要員工自己交。
無論單位如何發放員工工資，都要收取員工的個人所得稅和社保、住房公積金的個人繳納部分。所以，即使用個人賬戶支付員工工資，也還是要扣除的。