合理籌劃企業納稅主要是對所得稅進行籌劃，流轉稅（增值稅）沒有籌劃余地，也不可能籌劃。鑒於稅務籌劃主要是所得稅籌劃，本案例只考慮所得稅問題即可。
由於分公司不具有獨立法人資格，其銷售、成本與納稅均由母公司（深圳新營養技術生產公司）完成，母公司可以享受高新技術企業待遇，所得稅率15%，所以方案二是最佳選擇。
同時，內地的H子公司也可將其產品轉至母公司銷售、核算與納稅，可以相互抵消增值稅和產生的聯方交易，所得稅可以節約10%。
總之，可以將深圳新營養技術生產公司旗下的子公司和分公司作為生產中心，總公司作為利潤中心，這樣可節約納稅成本。