1998年6月28日玉溪撤地設市，“玉溪地區國家稅務局”更名為“玉溪市國家稅務局”，原“玉溪市國家稅務局”更名為“紅塔區國家稅務局”，其他八個縣國家稅務局的名稱及隸屬關系等均不變。
玉溪市國家稅務局現轄九個縣（區）局，即：紅塔區國家稅務局、通海縣國家稅務局、江川縣國家稅務局、澄江縣國家稅務局、華寧縣國家稅務局、易門縣國家稅務局、峨山縣國家稅務局、新平縣國家稅務局、元江縣國家稅務局。市局有內設機構9個，即辦公室、政策法規處、流轉稅管理處、所得稅管理處、進出口稅收管理處（含國際稅務管理職責）、征收管理處、計劃統計處（含財務管理職責）、人事教育處、監察室；直屬機構：2個，即稽查局、玉溪經濟技術開發區國家稅務局（非全職能局）；事業單位：3個，即信息中心、機關服務中心、培訓中心。同時，設離退休幹部辦公室、機關黨委辦公室。