1、員工申請個人減稅流程如下：
（1）持稅務登記證副本，填寫《涉稅事項綜合申請表》；
（2）提出申請和領取《受理回執》；
（3）備齊所需資料，待主管稅務機關收取資料和調查審核；
（4）憑《受理回執》領取批復。
2、法律依據：《中華人民***和國個人所得稅法》第五條
有下列情形之壹的，可以減征個人所得稅，具體幅度和期限，由省、自治區、直轄市人民政府規定，並報同級人民代表大會常務委員會備案：
（壹）殘疾、孤老人員和烈屬的所得；
（二）因自然災害遭受重大損失的。
國務院可以規定其他減稅情形，報全國人民代表大會常務委員會備案。
二、申請減免個人所得稅所需資料有哪些
1、減免稅申請報告，申請人簽名；
2、《地方稅務局減免稅申請核準表》壹式四份；
3、殘疾的提供有效的殘疾證；
4、營業執照和稅務登記證副本原件及復印件；
5、身份證原件及復印件；
6、勞動合同原件及復印件。
免稅政策是指對某壹類別的稅收對象和某壹類別的納稅人免除自己的應納稅所得額，而購買的商品或服務仍然包含稅收。