殘疾人保證金的計算方式：應繳納的保證金=（上年用人單位在職職工人數X所在地省、自治區、直轄市人民政府規定的安排殘疾人就業比例 - 上年用人單位時間安排的殘疾人及就業人數）X上年用人單位在職職工年平均工資。
殘疾人保證金的繳納流程如下：
1、殘疾人就業情況審核。已安排殘疾人就業的用人單位應於8月1日至9月15日，向主管地方稅務機關所在地的殘疾人就業服務機構申報上年本單位安排的殘疾人就業人數，並由該機構進行審核。未在規定時間內申報的，視為未安排殘疾人就業。
2、申報繳納地點。用人單位應向申報繳納個人所得稅的主管地方稅務機關申報繳納保障金。
3、申報繳費期限。保障金的申報繳費期限為11月1日至12月15日。
擴展資料用人單位將殘疾人錄用為在編人員或依法與就業年齡段內的殘疾人簽訂1年以上（含壹年）勞動合同（服務協議），且實際支付的工資不低於當地最低工資標準，並足額繳納社會保險費的，方可計入用人單位所安排的殘疾人就業人數。
用人單位安排1名持有《中華人民***和國殘疾人證》（1至2級）或《中華人民***和國殘疾軍人證》（1至3級）的人員就業的，按照安排2名殘疾人就業計算。用人單位跨地區招用殘疾人的，應當計入所安排的殘疾人就業人數。
百度百科-殘疾人就業保障金