根據《中華人民共和國發票管理辦法》規定，銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外收取款項時，應當向付款人開具發票。因此，即使運輸公司沒有車輛，作為代理人，也可以向付款人開具運輸發票。
但需要註意的是，如果運輸公司沒有車輛，而是以自己的名義開具運輸發票，可能會被稅務機關認為存在虛開發票的情況。因此，在實際操作中，建議運輸公司在沒有車輛的情況下，以實際承運公司的名義開具運輸發票，避免因不合規被稅務機關處罰。
綜上，運輸公司沒有車輛，但可以代理開具運輸發票。但開具發票時需要註意法律規定，避免不合規。