凡符合應辦理土地增值稅清算條件的項目，納稅人應當在滿足條件之日起90日內到主管地稅機關辦理清算手續，並據實填寫《土地增值稅清算表》；凡屬地稅機關要求納稅人進行土地增值稅進行清算的項目，主管地稅機關應當下發《土地增值稅清算通知書》，納稅人應當在接到清算通知之日起90日內，到主管地稅機關辦理清算手續。根據國家稅務總局《關於印發土地增值稅清算管理規程的通知》（國稅發〔2009〕91號）規定，納稅人符合下列條件之壹的，應進行土地增值稅的清算：
已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建築面積占整個項目可售建築面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建築面積已經出售或自用的；
取得銷售（預售）許可證滿3年未銷售完畢的；
納稅人申請註銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的（應在辦理註銷稅務登記前進行土地增值稅清算）。
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