根據《財政部 國家稅務總局關於房產稅城鎮土地使用稅有關問題的通知》財稅〔2009〕128號 文件規定：
壹、關於無租使用其他單位房產的房產稅問題
無租使用其他單位房產的應稅單位和個人，依照房產余值代繳納房產稅。
因此，即使簽訂了房屋無償使用證明合同，其房產稅應當由實際使用人按照房屋原值減除10%-30%後余值依照1.2%計算繳納房產稅。
根據《城鎮土地使用稅暫行條例》第二條的規定：在城市、縣城、建制鎮、工礦區範圍內使用土地的單位和個人，為城鎮土地使用稅（以下簡稱土地使用稅）的納稅人，應當依照本條例的規定繳納土地使用稅。
因此，貴公司作為應稅土地實際使用人應當繳納土地使用稅。
值得說明的是，按照房屋余值計算繳納房產稅大大小於按照租金繳納的房產稅。