增值稅專用發票如有遺失，應先去稅務所領取，填寫發票遺失/損壞報告單，並在報紙上刊登遺失聲明。根據《中華人民共和國國家稅務總局關於修改〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》(國稅發〔2006〕156號)第二十八條規定，壹般納稅人遺失已開具的專用發票發票聯和抵扣聯。如經鑒定為丟失前壹致，買方將提交賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件和當地主管稅務機關出具的丟失增值稅專用發票納稅申報證明。丟失前未認證的，買方憑賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關認證。經認證的，由賣方當地主管稅務機關出具的《專用發票記賬聯》復印件和《增值稅專用發票遺失納稅申報表》經買方主管稅務機關審核批準後，可作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
壹般納稅人丟失已開具的專用發票抵扣聯。如果在掛失前已經認證，可以用專用發票的發票復印件備查。丟失前未認證的，可以由主管稅務機關憑專用發票認證，並留存專用發票復印件備查。
壹般納稅人遺失已開具專用發票的發票聯，專用發票抵扣聯可作為記賬憑證，專用發票抵扣聯可留存壹份備查。
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