按實際交納稅額來調整。差額可以多做提取稅金，應交稅金科目做平是根本。
出現該差異的原因是由於納稅人開票小數點後兩位都會四舍五入，開票系統合計稅額的計算方式為每壹張發票的稅額相加，而在增值稅申報表中的計算公式為：稅額=總銷售額*適用稅率，所以就會出現幾分錢的差距。
擴展資料：
如果出現相差幾分錢無法申報，在申報系統根據實際情況進行手動修改銷售額，使申報的稅額與開票系統合計稅額壹致。增值稅是在系統抄稅報稅的，以稅務局抄報稅數字為準。差0.02是由於計算某張或某幾張發票稅額的時候四舍五入造成的，所以調整入賬時某張增值稅發票上的稅額。
計提的增值稅與實際繳納的增值稅，如果相差不大（如相差了壹分錢），會計上可以計入“營業外收入”或“營業外支出”。
百度百科-增值稅稅率