增值稅專用發票丟失處理辦法是：第壹步，於發現丟失當日，遺失人應當書面報告稅務機關。第二步，登報聲明作廢。第三步，根據開具罰單或行政處罰意見書進行復印，並提交復印件。
法律客觀：《稅收票證管理辦法》第六條 稅收票證的基本要素包括：稅收票證號碼、征收單位名稱、開具日期、納稅人名稱、納稅人識別號、稅種（費、基金、罰沒款）、金額、所屬時期等。 《稅收票證管理辦法》第七條 紙質稅收票證的基本聯次包括收據聯、存根聯、報查聯。收據聯交納稅人作完稅憑證；存根聯由稅務機關、扣繳義務人、代征代售人留存；報查聯由稅務機關做會計憑證或備查。 省、自治區、直轄市和計劃單列市（以下簡稱省）稅務機關可以根據稅收票證管理情況，確定除收據聯以外的稅收票證啟用聯次。