增值稅專用發票的抵扣流程：1、首先需要將稅控盤插到電腦的主機上，登錄到增值稅綜合服務平臺，點擊需要認證的月份；2、勾選好發票的開票日期，點擊查詢；3、勾選收到的紙質需要認證的發票，點擊確定並提交；4、提交之後選擇申請統計，勾選認證成功；5、最後進入電子稅務局填寫增值稅申報表進行抵扣。
法律客觀：《稅收票證管理辦法》第六條稅收票證的基本要素包括：稅收票證號碼、征收單位名稱、開具日期、納稅人名稱、納稅人識別號、稅種（費、基金、罰沒款）、金額、所屬時期等。《稅收票證管理辦法》第七條紙質稅收票證的基本聯次包括收據聯、存根聯、報查聯。收據聯交納稅人作完稅憑證；存根聯由稅務機關、扣繳義務人、代征代售人留存；報查聯由稅務機關做會計憑證或備查。省、自治區、直轄市和計劃單列市（以下簡稱省）稅務機關可以根據稅收票證管理情況，確定除收據聯以外的稅收票證啟用聯次。