市局機關內設9科2室和機關黨委[稅政壹科、稅政二科、征收管理科、規費征收管理科、政策法規科、信息技術科、計劃財務科、人事教育科、涉外稅收管理科（掛在市地稅外稅分局）、辦公室、監察室、機關黨委]；下轄直屬分局、稽查局、外稅分局、漳州開發區局、常山開發區分局等5個直屬機構和薌城區、龍文區、龍海市、漳浦縣、雲霄縣、東山縣、詔安縣、南靖縣、平和縣、長泰縣、華安縣（機構未分設）等11個縣（市、 區）局，85個稅務分局（所）；全市地稅系統現有幹部職工1047人(不含機構未分設的華安縣局)，大專以上學歷比例93.75%，黨員比例76.61%。負責管征的地方稅費主要有：營業稅、資源稅、企業所得稅、個人所得稅、房產稅（城市房地產稅）、城鎮土地使用稅、車船稅、城市維護建設稅、印花稅、土地增值稅、煙葉稅、基本養老保險費、失業保險費、教育費附加、地方教育費附加以及文化事業建設費等16種。