鎮江市國家稅務局直屬機構的級別為正科級。 負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
稽查局內設機構壹般不超過5個。 負責市直重點稅源納稅戶的評估約談、調查執行等管理工作。