60天稅務機關查稅的基本流程是:1。選案:根據案源信息進行選擇，決定是否立案。2.立案。3.檢查:作為結果制作稅務審計報告。檢驗工作應當自實施之日起60日內完成，確需延長檢驗時間的，應當經檢驗局局長批準。4.審理:稽查完成後，稽查部門應在5個工作日內將稅務稽查報告、稅務稽查工作底稿及相關證據材料移交給審理部門審理，並辦理交接手續。審理部門收到稽查部門移交的稅務稽查報告及相關資料後，應在15日內提出審理意見。但是，下列時間不計算在內: (壹)檢查人員進行補充調查的時間；(二)向上級機關請示或向有關部門咨詢政策性問題的時間。案情復雜，確需延長審理期限的，經稽查局局長批準，可以適當延長。
法律依據
第十壹條稅務機關的稅收征管、稽查和行政復議人員的職責應當明確，相互分離，相互制約。
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