政府項目稅率為9%，建設單位按照3%扣除，13%。違法嗎？

這不違法。政府項目的稅率是9%，建設單位按照3%和13%扣除，並不違法。增值稅稅率分別為13%、9%和6%。如果銷項稅率倒掛(即銷項稅率低於進項稅率)，這種情況是正常的，財務人員不用擔心，不存在稅收違規和稅收風險。建築企業提供建築勞務，增值稅稅率為9%。建築企業的成本主要是人工和建築材料，人工不易取得專用發票抵扣增值稅。但從上遊正規企業購買建材等貨物，可以取得13%的進項發票，施工企業可以抵扣增值稅。能拿到這樣的特價票是最好的，可以彌補人工等成本投入不足帶來的投入不足。