明清時代，明朝中央設戶部，直屬皇帝，該部屬下初設四個清吏司，即民部、度支、金部、倉部，後來又分設十三清吏司，分管各省賦稅。各清吏司下設民、度支、金、倉四科。金科主管全國漁鹽、稅課等工商稅收，倉科主管兩稅的起運和倉儲。清代前期，戶部主管全國財政，其下有十四清吏司，分別掌管各省的民賦、各倉鹽課、鈔關雜稅等。光緒三十二年(1906)，戶部更名為度支部，下轄田賦、稅課等十司，中央稅務機構趨近完善。
地方稅務機構 中國古代的地方賦稅多由地方官兼管。秦漢實行郡縣制，郡壹級分掌財稅的有少府、戶曹和倉曹。漢代在全國各地設鹽官,在產鐵地設鐵官,管理鹽鐵專賣或征稅；工官主管對物課稅，水官收漁稅。縣壹級設戶曹、金曹管理農戶的農桑及鹽鐵賦稅。鄉壹級則設嗇夫和鄉佐，負責具體收稅。