李泰國的行為激起了清政府權貴的憤怒，於是他解散了艦隊，賣掉了軍艦，廢除了“海軍旗”。到1866，清政府總理外事辦公室為海軍設計了壹面旗幟。
北洋艦隊初建後，海軍再次設計確定了海軍軍旗。1888年制定的《北洋水師章程》明確規定，水師旗為長方形、黃色、帶羽毛的龍旗。旗上的圖案還是做的，只是龍紋鑲嵌了藍色的羽紗。這面旗也是海軍艦艇的第壹面旗。
辛亥革命後，中華民國政府著手設計中華民國海軍旗。其旗為藍天白日旗，旗面為紅色，左上角為藍天白日圖案。白太陽會徽周圍有12個芒，這是分支數，而不是12個小時。