主要為征稅和船鈔兩大部門。征稅分內班（處理商人報關、征稅）、外班（查驗過關商貨）、海班（巡水緝私）。船鈔民國以後改稱海務，主管船政和港務事宜。人員最多時為兼辦郵政時代,1910年有19169人；1911年郵政脫離後，降至7230人；以後大體在八九千人之間。其中洋員約占1/6，國籍最多時達20余國,而以英人占絕對多數。海關要職都由洋員擔任，華員僅任中下級職位；華洋關員生活待遇懸殊，形成洋員統治華員局面。
收回海關管理權的鬥爭 終清壹代，海關管理征稅，稅款的保管則由清政府任命的海關監督掌握。辛亥革命爆發後，總稅務司夥同北京的外交團把海關稅款分存於匯豐、德華、道勝三家外國銀行的總稅務司帳戶。從此，稅款保管權也落入外國人手中，甚至連償債、賠款剩下的關余，中國政府也無權動用。1917年，孫中山領導的軍政府成立於廣州，從1918年起，要求按比例分取關余，與外交團、總稅務司進行了長期的鬥爭，並逐步發展為要求關稅自主、收回海關管理權的群眾性運動。1924年開始的國民革命推動了這壹運動1926年10月,廣州革命政府外交部公布《征收出產運銷物品暫行內地稅條例》，成為第壹次撇開帝國主義控制的海關，自行征收產銷稅的行動。隨後，各地方勢力也趁機征收貨物附加稅。海關外籍稅務司制度受到了打擊。