壹、成立時間不同
中國科學院自動化研究所成立於1956年10月，是中國最早成立的國立自動化研究機構。
沈陽自動化研究所成立於1958年11月。成立之初被稱為遼寧電子技術研究所，1960年4月更名為中國科學院遼寧分院自動化研究所，1962年至1972年的名稱為中國科學院東北工業自動化研究所，1972年起正式定名為中國科學院沈陽自動化研究所。
二、研究所地址不同
中國科學院自動化研究所的地址為北京市海澱區中關村東路95號；沈陽自動化研究所位於遼寧省沈陽市沈河區南塔街114號。
三、研究方向不同
中國科學院自動化研究所已形成立足智能技術，聚焦復雜信息的智能計算、復雜系統的智能控制、集成化智能系統三個重要方向，基礎研究、應用開發與高技術產業化“三位壹體”，相互支持、相互補充的格局。
沈陽自動化研究所主要研究方向是機器人、工業自動化和光電信息處理技術。該所作為中國機器人事業的搖籃，在中國機器人事業發展歷史上創造了二十多個第壹，引領中國機器人技術的研究發展。此外，該所還是“實驗1”號科考船的船東單位。
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