中國民族醫藥學會成立於1994年2月18日，是經民政部批準，由各民族醫藥工作者、管理工作者以及相關單位專家自願結成的全國性、非營利性社會團體，其業務主管單位為國家中醫藥管理局。
其分支機構包括：中國民族醫藥學會教育研究分會、中國民族醫藥學會毛發健康專業委員會、中國民族醫藥學會疑難病專業委員會、中國民族醫藥學會芳香醫藥委員會、中國民族醫藥學會侗醫藥專家委員會、中國民族醫藥學會蛇傷醫藥專家委員會、中國民族醫藥學會土家醫藥專家委員會、中國民族醫藥學會苗醫藥專家委員會、中國民族醫藥學會蒙醫藥專家委員會、中國民族醫藥學會維醫藥專家委員會、中國民族醫藥學會畬醫藥專家委員會、中國民族醫藥學會朝醫藥專家委員會等。