新系統開具的電子增值稅普通發票具有法律效力，與原紙質增值稅普通發票具有相同的用途和使用規則，可作為財務報銷票據使用。
壹般納稅人開具專用發票、銷售退回、開票錯誤等當月擴展信息。，且退回的發票聯和抵扣聯符合作廢條件的，作廢；如果簽發時發現錯誤，可以立即作廢。
作廢的專用發票在防偽稅控系統中按“作廢”處理，並在紙質專用發票(包括未打印的專用發票)的每份復印件上標註“作廢”字樣，所有復印件留存。但稅務機關對專用發票的作廢條件有相對嚴格的規定，必須同時滿足以下三個條件:
退回發票的收付時間不超過賣方開具發票的當月；賣家沒有抄稅，沒有記賬；購買方認證失敗或認證結果為“納稅人識別號認證不壹致”、“專用發票代碼和號碼認證不壹致”。
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