1，不同位置
中山大學南方學院位於廣州從化區；
中山大學新華學院有兩個校區:廣州校區位於廣州市天河區；東莞校區位於東莞麻湧；
2、建國時間不同
中山大學南方學院創建於2006年；
中山大學新華學院於2005年經教育部批準成立。
3、側重點不同
中山大學南方學院以文化藝術為主；
中山大學新華學院偏向經濟貿易類。
截至2017，1年6月，中山大學南方學院有11個院系，35個本科專業，形成了以管理、經濟、文學為主，工、理、醫、文協調發展的學科體系；
截至2019年4月新華，中山大學有19個二級教學單位，開設46個本科專業，涵蓋經濟、法律、教育、文學、科學、工程、醫學、管理、藝術等9個學科。