以大宗商品為主的綜合性保稅港區
利用綜合保稅區特有的功能政策優勢，大力發展海洋經濟，建設成為浙江海洋經濟發展示範區的重要載體，舟山群島新區發展的核心功能區，努力發展成為面向亞太地區以大宗商品為主的綜合保稅區。
本島定位
舟山港綜合保稅區本島分區的功能定位為以海洋裝備制造業、海洋生物產業、電子信息產業等先進制造業和倉儲物流為重點，探索建立區域性大宗商品定價中心，發展航運服務業、保險金融業和咨詢研發、商品會展、租賃等相關服務業。
衢山定位
發揮其深水岸線資源優勢，主要功能定位為大宗商品（煤炭、礦石、油品和液體化工品等）中轉、儲運。