市局設稽查局和車輛購置稅征收管理分局2個直屬機構，稽查局級別為副處級；車輛購置稅征收管理分局為正科級。
（1）稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。?
按照《浙江省國家稅務局關於規範稽查機構明確職責分工的請示》（浙國稅人〔2008〕52號）及《國家稅務總局關於浙江省國家稅務局規範稽查機構設置明確職責分工的批復》（國稅函〔2008〕602號），設7個內設機構（副科級），分別是綜合科、綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、案件審理科、案件執行科和舉報中心。
（2）車輛購置稅征收管理分局
組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
車輛購置稅征收管理分局設5個內設機構（正股級），分別是辦公室、綜合管理科、征收管理壹科、征收管理二科、征收管理三科。但根據舟山目前情況，暫不設內設機構。