珠山區境內以中低山丘陵為主。東北高，西南低，地勢比較平坦。東北西部多山，峰巒疊嶂。東南部多丘陵平原，起伏不斷。長江穿城而過，南河環繞東南，西河貫穿西岸，形成壹城三水之勢。
屬於亞熱帶季風氣候，熱量充足，雨量充沛，日照充足，無霜期長。冬末春初，受西伯利亞冷高壓影響，偏北寒冷。春夏之交，南北冷暖，梅雨連綿；盛夏多受亞熱帶控制，偏南風，天氣炎熱；夏秋季受單壹熱帶海洋氣團控制，天氣晴熱。
其特點是冬冷春寒，夏熱秋旱，春秋短，冬夏長。2010年，區域平均氣溫18℃，極端最高氣溫38.8℃，極端最低氣溫-4℃，年日照時數1724.1小時，年降水量2571.5毫米，無霜期271天。
長江長江是流經珠山區流域的最長河流，也是景德鎮市珠山區和昌江區的天然最長分界線。發源於安徽省祁門縣，經道湖流入江西省浮梁縣。它原名長江，自北向南蜿蜒，貫穿浮梁縣城。