主管稅務機關是指辦理具體涉稅事項的稅務機關，依照設置權限的規定，具體涉稅事項應由那級辦理的，那級稅務機關就是主管稅務機關。
主管稅務部門則是指稅務機關的所屬部門，例如：國稅有分很多的部門，有征管科、票證科等等
也就是說主管稅務部門是所於主管稅務機關裏的。