公司註冊兩年了沒報稅務登記應由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款。情節嚴重的，可以處二千元以上壹萬元以下的罰款。稅務機關將其列入非正常企業的，法人不能再次註冊任何形式的公司。
法律客觀：《稅收征收管理法》第十五條企業，企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶和從事生產、經營的事業單位（以下統稱從事生產、經營的納稅人）自領取營業執照之日起三十日內，持有關證件，向稅務機關申報辦理稅務登記。稅務機關應當於收到申報的當日辦理登記並發給稅務登記證件。工商行政管理機關應當將辦理登記註冊、核發營業執照的情況，定期向稅務機關通報。本條第壹款規定以外的納稅人辦理稅務登記和扣繳義務人辦理扣繳稅款登記的範圍和辦法，由國務院規定。