1、通過扣繳義務人申報：優點：單位可以使用扣繳端軟件獲取納稅人填寫的專項附加扣除信息，預扣預繳稅款時，納稅人可以享受相應的稅收優惠，到手工資會相對較高。此外，這種方式對於工薪階層來說較為方便，因為單位會負責處理相關稅務事宜。缺點：由於需要向單位提供專項扣除信息，會暴露壹些個人隱私。
2、綜合所得年度自行申報：優點：納稅人可以更靈活地掌握申報時間和內容，自行辦理年度匯算，及時享受稅收優惠。這種方式適合個體戶和自由工作者等需要自主處理稅務事宜的人群。缺點：對於有符合專項附加扣除項目且需要預繳稅款的納稅人而言，選擇這種方式會導致預繳的稅款高於實際應繳納的稅款，每月實際到手工資會相對較低。此外，自行申報需要納稅人具備壹定的稅務知識和處理能力。