1、面向的用戶群體不同：自然人電子稅務局主要是為自然人納稅人提供稅務服務，包括個人所得稅的申報、繳納和查詢等功能，電子稅務局則是壹個更廣泛的概念，面向所有類型的納稅人，包括企業、單位以及自然人。
2、功能定位不同：自然人電子稅務局的功能主要聚焦於個人所得稅的申報和繳納，電子稅務局的功能則更為全面，涵蓋了稅務管理的各個方面，包括稅務登記、發票管理、稅務申報、稅款繳納等。
3、自然人電子稅務局是壹款針對個人納稅人而設立的在線稅務服務平臺，旨在提高納稅工作的便利性和效率，由稅務局制作，於2020年1月1日正式上線，並對原有自然人及扣繳義務人辦稅渠道進行了整合和再升級，從而打造出壹個全新統壹的自然人線上辦稅服務平臺。