有限公司自然人獨資需要繳納的稅包括：增值稅、企業所得稅、個人所得稅、印花稅、教育稅附加、地方教育附加、城市維護建設稅等。個人獨資企業不繳納企業所得稅，繳納個人所得稅，個人所得稅按收入所得和利息、股息、紅利所得分兩種計算方法。收入所得：個人獨資企業的收入所得計算個人所得稅，適用5%-35%的五級超額累進稅率。具體對應稅率如下：
1、全年收入所得額不超過15000，稅率5%；
2、全年收入所得額超過15000-30000的部分，稅率10%；
3、全年收入所得額超過30000-60000的部分，稅率20%；
4、全年收入所得額超過60000-100000的部分，稅率30%；
5、全年收入所得額超過100000的部分，稅率35%。
利息、股息、紅利所得：個人獨資企業的利息、股息、紅利所得，適合比例稅率，稅率為20%
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第十五條
企業，企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶和從事生產、經營的事業單位（以下統稱從事生產、經營的納稅人）自領取營業執照之日起三十日內，持有關證件，向稅務機關申報辦理稅務登記。稅務機關應當於收到申報的當日辦理登記並發給稅務登記證件。
工商行政管理機關應當將辦理登記註冊、核發營業執照的情況，定期向稅務機關通報。
本條第壹款規定以外的納稅人辦理稅務登記和扣繳義務人辦理扣繳稅款登記的範圍和辦法，由國務院規定。