按照妳的說法，由於分公司可以抵扣進項稅，所以必須獨立核算，所以分公司銷售的商品不能由總公司開具發票。如果要求總公司開具發票，只能算是總公司銷售的商品，與分公司無關。
最終結算是企業所得稅，與進項稅無關。妳可能混淆了概念。