如果買方取得的專用發票已用於申報抵扣，買方可在新的增值稅發票管理系統(以下簡稱新系統)中填寫並上傳開具紅字增值稅專用發票信息表(以下簡稱信息表)。填寫信息表時，未填寫對應的藍字專用發票信息，信息表中所列增值稅金額應暫從當期進項稅額中轉出。取得賣方開具的紅字專用發票後，未使用專用發票申報抵扣，且發票聯或抵扣聯無法退回的，買方在填寫信息表時應填寫相應的藍色專用發票信息。
如果賣方開具的專用發票尚未交付給買方，且買方未使用該發票申報抵扣並退回發票和抵扣，賣方可在新系統中填寫並上傳信息表。賣方在填寫信息表時，應填寫相應的藍色專用發票信息。
主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的信息表，系統自動核對後，生成帶有紅字發票信息表號的信息表，並將信息同步到納稅人端系統。
賣方應開具紅色專用發票，發票信息表經稅務機關核實，在新系統中以負數輸出開具。