噸稅由海關負責征收，海關征收噸稅應當制發繳款憑證。
《中華人民***和國船舶噸稅法》第八條規定：噸稅納稅義務發生時間為應稅船舶進入港口的當日。應稅船舶在噸稅執照期滿後尚未離開港口的，應當申領新的噸稅執照，自上壹次執照期滿的次日起續繳噸稅。應稅船舶負責人應當自海關填發噸稅繳款憑證之日起“15日”內向指定銀行繳清稅款。納稅人未按期繳清稅款的，自滯納稅款之日起，按日加收滯納稅款0.5%的滯納金。
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