新車購置稅是在稅務機關繳納的，稅務機關在4S店設有收繳機構的可以在4S店繳納。
根據《中華人民***和國車輛購置稅法》第十條 車輛購置稅由稅務機關負責征收。
第十壹條 納稅人購置應稅車輛，應當向車輛登記地的主管稅務機關申報繳納車輛購置稅；購置不需要辦理車輛登記的應稅車輛的，應當向納稅人所在地的主管稅務機關申報繳納車輛購置稅。
第十二條 車輛購置稅的納稅義務發生時間為納稅人購置應稅車輛的當日。納稅人應當自納稅義務發生之日起六十日內申報繳納車輛購置稅。
擴展資料：
《中華人民***和國車輛購置稅法》第三條 車輛購置稅實行壹次性征收。購置已征車輛購置稅的車輛，不再征收車輛購置稅。
第五條 車輛購置稅的應納稅額按照應稅車輛的計稅價格乘以稅率計算。
第七條 納稅人申報的應稅車輛計稅價格明顯偏低，又無正當理由的，由稅務機關依照《中華人民***和國稅收征收管理法》的規定核定其應納稅額。