對於非正常損失的存貨，其處理方式取決於企業的納稅狀態。非壹般納稅人企業，損失應按照存貨的實際成本計入營業外支出。而對於壹般納稅人，損失金額不僅需要計入營業外支出，還需同時考慮已經計入應交稅金的進項稅額。
如果損失被稅務局認可，可以直接在所得稅前扣除。否則，必須經稅務局批準才能扣除。正常損失，如銷售或變賣過程中的損耗，通常無需審批即可在利潤中扣除；而非正常損失，如自然災害或人為管理失誤，需經稅務機關審批。
在增值稅方面，非正常損失的購進貨物，其進項稅額不能抵扣。如果企業已實際申報抵扣，應在損失發生時將這部分進項稅額轉出。具體操作需遵循《中華人民***和國增值稅暫行條例》及其實施細則的相關規定。
綜上所述，處理存貨非正常損失時，會計和稅務的結合至關重要，需根據企業的具體情況和相關法規進行準確操作。