根據《國家稅務總局關於出口退稅若幹問題的通知》(國稅發〔2000〕165號)第壹條規定，保稅區外的出口企業銷售給外商的出口貨物，如外商將貨物存放在保稅區內的倉儲企業，離境時由倉儲企業辦理報關手續的，保稅區外的出口企業可憑貨物進入保稅區的出口貨物報關單、倉儲企業的出口備案清單及其他規定的憑證，向稅務機關申請辦理退稅。
由於該《通知》同時規定，保稅區海關須在上述貨物全部離境後，方可簽發貨物進入保稅區的出口貨物報關單。對保稅區海關在貨物離境後根據貨物進入保稅區的日期簽發出口貨物報關單，可能造成出口企業申報退稅時超過退稅申報期而無法退(免)稅的問題。
國家稅務總局在《關於經保稅區出口貨物申報出口退(免)稅有關問題的批復》(國稅函〔2005〕255號)作出解釋性規定，對符合國稅發〔2000〕165號文件第壹條規定的出口貨物，出口企業可以最後壹批出口貨物的備案清單上海關註明的出口日期為準申報退(免)稅。因此，上述公司可憑最近壹份出口備案清單向出口退稅機關申請辦理出口退稅。