首先，可以參考以下信息進行錄入憑證抵扣:
壹般來說，買方的進項稅由賣方的銷項稅構成。因此，在正常情況下，進項稅是:
1.從賣方取得的增值稅專用發票(包括機動車銷售統壹稅控發票)上註明的增值稅。
2.從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅金額。
3.購買農產品，凡取得《增值稅專用發票》或《海關進口增值稅專用繳款書》的，均可按註明的增值稅稅額抵扣。未全部取得的，采取《農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法》予以扣除。
4.從境外單位或個人購買勞務、無形資產或不動產，從稅務機關或扣繳義務人取得的完稅證明上註明的增值稅。
從第2項和第4項可以看出，從海關取得的海關進口增值稅專用繳款書和從稅務機關或扣繳義務人取得的完稅證明可以作為進項抵扣。
根據妳的描述，不包括向主管稅務機關繳納的稅款，應該是指公司自己向稅務機關繳納的稅款，而不是第4項中的完稅證明；自己向主管稅務機關繳納的稅款按“應交稅金-應交增值稅-已交稅金”核算，因不屬於上述四項所述的進項範圍，不能按進項抵扣核算。