根據國稅發2005 199號（國家稅務總局關於出口貨物退（免）稅實行有關單證備案管理制度（暫行）的通知）中對單證備案的說明：“四、出口貨物運輸單據。海運提單是承運人或其代理人收到貨物後簽發給托運人的，允諾將該批貨物運至指定目的港交付給收貨人的壹張書面憑證。每份正本提單的效力是同等的，只要其中壹份憑證提貨，其他各份立即失效。它是國際運輸中十分重要的單據，也是買賣雙方貨物交接、貨款結算最基本的單據。”，從該說明中可以看出，海運提單要求的是主單，只要主單才具有運輸契約和提貨功能。隨著貨代行業的興起，有壹些出口貨物是客戶指定貨代或者是拼箱出口等，這類業務出口企業壹般不會取得主單只能取得貨代公司出具的分單，但業務是真實的，所以說從實務角度來說，分單應該可以作為單證備案，但是壹些稅局以政策為由要求出口企業必須以主單作為單證備案。如果遇到不讓分單備案的，出口企業應向稅局說明業務情況爭取以分單備案。國家稅務總局公告2012年第24號中關於運輸單據的規定並沒有要求必須主單，國稅發2005 199號也從2018.5.1起全文作廢了，因此說現在做單證備案是主單或分單都是可以的。
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